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[Flash Info Chimie] #27 Des macro-assemblages de bases azotés

En chimie prébiotique, sujet qui me passionne, il y a plusieurs grandes questions qui se posent : l’accumulation de matière organique, l’auto-réplication, l’homochiralité, etc… Aucune n’a de réponses définitives, mais toutes sont des domaines de recherche enthousiasmant. Dans cet article publié par le Journal of American Chemical Society, N.V. Hud et son équipe se sont intéressés à la synthèse et aux structures formées par des molécules potentiellement pro-biotiques, précurseurs de l’ARN.

L’ARN, c’est une sorte de polymère, composé de nucléosides reliés entre eux. Il en existe 4 différents, qui vont s’arranger dans un ordre bien précis, qui constitue un code génétique. (Presque) comme l’ADN. (ci-dessous, les 4 nucléosides)

Sauf que ces nucléosides sont déjà des espèces chimiques assez compliquées, composés d’un « sucre », et d’une « base azotée ».

ribofuranose

ribofuranose

 

Si on arrive à peu près à imaginer comment l’un et l’autre peuvent se former, il faut encore qu’ils se lient entre eux : c’est le travail qu’à essayé de mené L.E. Orgel et son équipe dans les années 70, n’arrivant, hélas, à former que de l’adénosine.

Dans cette publication, les auteurs ont proposé une autre base azotée, appelée TAP (2,4,5 TriAminoPyrimidine), connue pour sa possible formation prébiotique et sa grande réactivité.

En faisant réagir le ribose et la TAP, dans des conditions conformes  à la « Terre prébiotique », les chimistes ont effectivement obtenus les nucléosides attendus, qu’ils ont appelés TARC (on va garder cet acronyme nous aussi !).

synthesis of TARC

Synthèse du nucléoside TARC. Conditions opératoires : Simplement mélangés dans de l’eau pendant quelques jours, puis le mélange est séché à 35 °C pendant 24 heures, puis à nouveau dissout dans de l’eau, pendant quelques jours, puis séché, etc… Une dizaine de fois.

Ce qui est, pour moi, vraiment intéressant, c’est qu’ils ont ensuite mis ce nucléoside (en bleu sur la figure suivante) en présence d’une autre base azotée (en rouge, sur la figure suivante), connue pour être sans doute une « ancêtre » des bases modernes, et ont constaté un auto-assemblage de l’ensemble, sous forme de filaments constitués en réalité d’une hélice moléculaire :

filamentsCes micro-structures parfaitement organisées sont intéressantes, car elles démontrent encore une fois, si cela était encore nécessaire, que de simples nucléosides peuvent s’assembler en des structures variés.

[ Dans les organismes vivants actuels, chaque type de molécules remplit une fonction : les lipides servent pour les parois, les protéines pour des structures diverses, depuis des enzymes permettant les réactions chimiques, jusqu’aux filaments permettant des transports intra-cellulaires, les sucres servent comme carburant, mais aussi pour la reconnaissance cellulaire, et la constitution de membranes, fibres rigides (comme par exemple la chitine, la cellulose,…), et bien sûr l’ADN et l’ARN permettant de conserver le code génétique.

On imagine souvent que les premiers organismes ne fonctionneraient qu’avec de l’ARN. Pour soutenir cette affirmation, il faut donc imaginer que contrairement aux organismes actuels, toutes les fonctions vitales soient assurées par cette seule biomolécules. On sait que l’ARN peut conserver le code génétique, comme par exemple dans les virus à ARN (Hépatite A, VIH, etc…). Il peut aussi remplir le rôle de certaines enzymes, et même sans doute de s’auto-répliquer. Cet article vient compléter le tableau en montrant, entre autre, qu’il permet aussi d’assurer des structures microscopiques, elles aussi indispensables à la vie.]

 

« Spontaneous Prebiotic Formation of a β‐Ribofuranoside That Self-Assembles with a Complementary Heterocycle » M.C. Chen et al., J. Am. Chem. Soc. 2014, ASAP

 

 

L’auto-catalyse : le concept-clé de l’apparition de la vie (2)

L’auto-catalyse est un concept chimique relativement simple à comprendre : le produit d’une réaction auto-catalysée va favoriser, accélérer sa propre formation. Un peu comme une réaction en chaîne, où chaque réaction va provoquer encore plus de réaction.

Dans le passionnant problème de l’apparition de la vie, l’auto-catalyse est un concept central qui permet d’expliquer la formation, la réplication des composés nécessaires à la vie, ainsi que l’organisation de systèmes complexes, capables de s’auto-répliquer, d’évoluer même, jusqu’aux premiers organismes vivants. (voir le premier billet de cette mini-série)

L’autocatalyse permet d’apporter aussi une partie de la réponse à la problématique de l’homochiralité.

Les molécules du vivant sont comme nos mains…*

Essayez : regardez votre main gauche : à quelques détails près, elle est l’image de votre main droite dans un miroir. Par contre, vous ne pouvez pas les superposer. Votre main est un objet chiral. Les molécules du vivant présentent très souvent cette particularité, et c’est en particulier le cas des acides aminés, des sucres, qui composent une très grande partie du corps humain.

L'acide aminé "alanine", sous ses deux formes. Essayez comme vous le voulez, il n'est pas possible de superposer l'une à l'autre !

L’acide aminé « alanine », sous ses deux formes. Essayez comme vous le voulez, il n’est pas possible de superposer l’une à l’autre !

La surprise que nous a réservé la nature, c’est que ces molécules ne sont présentes que sous une seule forme. A part de très très rares exemples, chaque acide aminé, chaque sucre n’est présent que sous une seule forme ( un « énantiomère »), dans tous les organismes vivants connus, depuis la plus insignifiante bactérie jusqu’aux organismes les plus complexes. C’est ce qu’on appelle l’homochiralité.

Le problème, le gros, l’énorme problème, c’est que cette homochiralité de la vie est très difficile à expliquer. Les énantiomères, images l’un de l’autre dans un miroir, ont exactement les mêmes propriétés : mêmes propriétés chimiques, mêmes propriétés physiques. En fait, elles ne se distinguent que lorsqu’elles sont elles-mêmes en présence d’autres espèces chimiques chirales.

Prenons un exemple concret : Supposons que nous avons des vis. Certaines tournent à gauche, certaines tournent à droite. Mais elles sont faites avec le même acier, ont exactement la même masse, le même diamètre, la même longueur… Comment les discerner ? Le seul moyen est d’avoir un écrou adapté, qui ne va tourner que dans un seul sens : les vis du « bon » sens vont pouvoir s’y introduire, et les autres non. On a ajouté un élément qui rompt la symétrie, ce qui permet de distinguer un type de vis par rapport à l’autre.

Lors de l’apparition de la vie, il faut donc nécessairement imaginer une situation qui créé cette dissymétrie. Un phénomène qui va favoriser un énantiomère, et pas l’autre. Ce problème fait l’objet d’intenses recherches, dont nous parlerons dans un autre article. (Une hypothèse serait que cela viendrait de la lumière polarisée gauche ou droite provenant de nébuleuses…Ce qui ne me convainc pas beaucoup…)

Quoiqu’il en soit, lors de la constitution de la soupe primitive, il y aurait eu un très très léger excès d’une forme sur l’autre. Très très très très léger excès.

Comment passer de ce très très très léger excès à la totalité des acides aminés, des sucres, présents sous une seule forme ? 

C’est là qu’intervient à nouveau le concept d’auto-catalyse. Supposons qu’un réactif soit présent sous les deux formes, que l’on notera forme R et forme S (comme Rectus : droit et Sinister : gauche en latin). Supposons que chacune de ces formes soit des « auto-catalyseurs », et catalysent la formation exclusive de R pour le premier, ou de S pour le second. Supposons maintenant que un R et un S peuvent aussi se combiner, pour former un dimère, qui est inactif. On obtient le « Modèle de Frank » [1], résumé ici en un diagramme :

On part ici de 3 R et 2 S. Un dimère RS se forme, etest inactif. Les R catalysent la production d'autres R, et le S restant en fait de même.  La réaction recommence, et encore, et encore... On finit par avoir de façon quasi exclusive la forme R. D'un point de vue macroscopique, la forme S a disparue.

On part ici de 3 R et 2 S. Un dimère RS se forme, etest inactif. Les R catalysent la production d’autres R, et le S restant en fait de même. La réaction recommence, et encore, et encore… On finit par avoir de façon quasi exclusive la forme R. D’un point de vue macroscopique, la forme S a disparue.

Ce mécanisme, très théorique, a pu être mis en oeuvre expérimentalement [2] :

A partir d'un excès de la forme S de moins de 0,0001 %, on a pu par cette réaction obtenir finalement un "mélange" où la forme R n'était plus détectable...

A partir d’un excès de la forme S de moins de 0,0001 %, on a pu par cette réaction obtenir finalement un « mélange » où la forme R n’était plus détectable

Pour l’instant, ce mécanisme n’a pas été proposé sur des substrats ressemblant aux premières molécules du vivant, mais il illustre parfaitement cette amplification spectaculaire d’un énantiomère par rapport à un autre, dont la vie a nécessairement eu besoin.

Un dernier point peut-être : que pourrait-il se passer si ce type de réaction catalytique a lieu SANS excès initial d’une forme ou l’autre ?

On a ici un système parfaitement chaotique, et il suffit qu’une des formes, localement, au gré de l’agitation thermique par exemple, se trouve à un instant en surnombre, pour démarrer un processus d’enrichissement qui conduit à un excès quasi-total ! Cette expérience a été entreprise, avec un premier succès, en 2007 par Tsogoeva et son équipe. Et ils ont obtenus, à partir d’aucun excès initial détectable, un excès de 1 à 20 % (suivant les molécules testées) d’une forme ou l’autre [3]. Faible, mais de là à penser qu’en réalité, il n’y a pas véritablement de problème d’homochiralité… Il n’y a qu’un pas ?

Sources :

Mechanisms of Autocatalysis » A.J. Bissette, S.P. Fletcher Angew. Chem. Int. Ed. 201352, 12800-12826

* On pourra lire aussi le billet sur la chiralité de David Louapre sur son blog Science Etonnante

[1] F. C. Frank, Biochim. Biophys. Acta 1953, 11, 459-463.

[2] I. Sato, H. Urabe, S. Ishiguro, T. Shibata, K. Soai,  Angew. Chem. Int. Ed. 200342, 315-317.

[3]  M. Mauksch, S. B. Tsogoeva, I. M. Martynova, S. Wei, Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 393-396.

L’auto-catalyse : le concept-clé de l’apparition de la vie (1)

Quand on parle de l’apparition de la vie sur Terre, des questions reviennent inlassablement, sans qu’il soit aisé d’y apporter une réponse tranchée et définitive. Par quel mécanisme les molécules pré-biotiques se sont formées ? A quel endroit la vie est apparue ? Comment ces premières molécules ont pu s’auto-organiser, se multiplier, se reproduire ?

Avant de continuer, je me rends compte que j’ai souvent parlé de ce thème qui me passionne sur ce blog (vous pouvez lire les articles de cette rubrique par ici). Cela ne fait pas de moi un « spécialiste » de la question, mais je suis heureux de partager mes connaissances, mes lectures, mes réflexions sur l’apparition de la vie. J’espère que de votre côté vous appréciez aussi.

Un concept chimique en particulier est fondamental pour répondre à la dernière des trois questions : il s’agit de l’auto-catalyse. Une revue de la littérature sur ce sujet vient de paraître dans le journal Angewandte, et cela mérite bien une petite explication de texte. J’invite surtout tous ceux qui lisent l’anglais à la parcourir, elle est de plus assez compréhensible quand on n’entre pas trop dans les détails…

On parle d’auto-catalyse lorsque le produit d’une réaction chimique agit comme le catalyseur de sa propre formation. On peut le schématiser de la façon suivante :

A\, +\, B\, \overset{C}{\rightarrow}\, C

Avec A et B des réactifs, C le produit qui sert aussi de catalyseur.

Au fait « catalyseur », ça veut dire quoi, déjà ? un catalyseur, c’est une espèce chimique intervenant dans une réaction qui n’est ni un réactif (qui est consommé) ni, normalement, un produit (qui est formé lors de la réaction). Son rôle est d’accélérer la réaction, voire de la rendre possible. Dans le cas de l’autocatalyse,  c’est le produit lui-même qui va interagir avec les réactifs, pour les « aider » à réagir ensemble.

Un exemple simple : la formation du savon

Il s’agit d’un exemple simple d’auto-catalyse, pour bien fixer les idées. Pour obtenir du savon, de façon schématique, on prend de l’huile et de la soude. L’huile est composée majoritairement de triglycérides (en haut sur le schéma), et la soude, c’est de l’eau qui contient des ions Na+; et OH-. lorsque les deux réactifs entrent en contact, on assiste à une réaction de « saponification », qui permet l’obtention de carboxylates de sodium, qui sont les molécules de savon.

saponification

Le soucis dans cette réaction, c’est que l’eau et l’huile ne sont pas miscibles : la réaction ne peut avoir lieu qu’à l’interface entre les deux solutions, et donc n’est pas efficace (trop lente). Heureusement, le produit de la réaction, le savon, va permettre une miscibilité des deux liquides beaucoup plus importante : l’eau et l’huile se mélangent, donc les réactifs entrent en contact dans la totalité du milieu, et donc la réaction accélère : on a bien un processus auto-catalytique : le produit permet à la réaction d’être plus efficace, et augmente ainsi sa vitesse.

Dans le domaine des molécules organiques susceptibles d’entrer en composition de la fameuse soupe prébiotique, on peut citer, la réaction de « formose », qui permet la formation auto-catalysée de molécules de type glucides. Le soucis, c’est qu’elle n’est absolument pas sélective : elle va permettre d’accumuler des glucides très variés, et souvent très complexes (à la limite, on obtient… du caramel !) à partir de molécules simples, mais c’est encore insuffisant : lorsqu’on étudie la chimie prébiotique, le problème d’accumulation des espèces chimiques organiques est important, mais encore faut-il sélectionner les bonnes ! (et… noyer les autres dans la masse.)

Quand le produit sert de modèle pour sa réplication

Un des mécanisme les plus importants en auto-catalyse correspond à la situation où le produit sert de « moule » pour la formation d’autres molécules identiques. En un schéma, voici le fonctionnement de cette catégorie majeure de réaction catalysée :

La première étape, est la « pré-formation » du produit, à l’aide des deux réactifs (schématisés en haut à gauche), qui vont s’apparier avec le « moule ». La deuxième étape est la formation de la liaison entre les deux réactifs. La troisième étape est le largage du produit, qui peut servir à nouveau comme moule, etc…

Ce mécanisme permet non seulement d’augmenter la vitesse de réaction, mais aussi de permettre une certaine sélectivité : seule la formation de produits qui peuvent servir de « moule » pour eux-mêmes va être favorisée.

Dans les travaux en chimie prébiotique, un des exemples emblématiques concernant ce mécanisme est la formation auto-catalytique de polynucléotides. Emblématique, parce que ces polynucléotides sont de structures très très similaires à des petits morceaux d’ARN.  Et il est assez probable que l’ARN ait servi à la fois d’enzymes (rôle aujourd’hui plutôt assuré par les protéines), et de support du code génétique (aujourd’hui assuré par l’ADN) chez les premiers êtres vivants. Valider expérimentalement la capacité de polynucléotides à s’auto-répliquer est ainsi fondamental dans cette hypothèse.

Le premier système autocatalytique permettant de former des oligonucléotides (légèrement modifiés) a été proposé par L.E. Orgel en 1983, et est décrit sur ce schéma :

Deux tri-nucléosides de séquences déterminées (ici "CCG" et "CGG") se couplent pour donner une molécule formée par 6 nucléosides, dont la séquence est conservée dans le processus (CCGCGG)

Deux tri-nucléotides de séquences déterminées (ici « CCG » et « CGG ») se couplent pour donner une molécule formée par 6 nucléotides, dont la séquence est conservée dans le processus (CCGCGG) 

Afin de rendre cette formation de brins de nucléotides plus efficace, on peut aussi lier le produit à un support solide, comme schématisé ci-dessous :

La première étape est l'immobilisation du "produit", les nucléosides vont former un brin complémentaire (étape 2 et 3), puis ce brin est relargué (étape 4)

La première étape est l’immobilisation du « produit », les nucléotides vont former un brin complémentaire (étape 2 et 3), puis ce brin est relargué (étape 4)

 

D’autres systèmes auto-catalytiques, plus efficaces, c’est-à-dire permettant une plus grande sélectivité (un seul produit ne formant d’une seule séquence bien précise), et une plus grande efficacité (en terme de vitesse de réaction) ont été mis au point pour la synthèse d’oligonucléotides, mais impliquent des mécanismes complexes, avec de multiples cycles catalytiques où les espèces produites par les une catalysent les autres… On s’approche petit à petit de la complexité des systèmes biologiques, en somme.

Grâce à ce modèle de « moule », on peut ainsi imaginer la sélection, et la multiplication de brins d’ARN capables de s’auto-répliquer. Et grâce au jeu des « erreurs » dans la reproduction des séquences (les ancêtres des mutations génétiques ?), on a pu passer de petits oligonucléotides à des plus longs, plus complexes, plus efficaces… jusqu’à obtenir les premiers codes génétiques ??

A suivre : la formation autocatalytique des proto-membranes, et une réponse à l’énigme de l’homochiralité du vivant.

« Mechanisms of Autocatalysis » A.J. Bissette, S.P. Fletcher Angew. Chem. Int. Ed. 201352, 12800-12826

La vie viendrait-elle de Mars ? Hum…

martiens_udc

J’ai été très surpris de voir une nouvelle scientifique retentissante sur les grands sites d’information français. Le très sérieux France Info titre ainsi  » ‘Nous sommes tous martiens’ selon une étude scientifique » (un article de Laura Damase). Ce site, ainsi que de très nombreux d’autres, cite un scientifique participant à un congrès de géochimie à Florence, « Steven Brenner », qui aurait découvert que la vie sur Terre proviendrait en fait de Mars. Après, on ne comprend pas trop… Il semble qu’une forme particulièrement oxydée de molybdène jouent un rôle particulier, et que ce molybdène là n’existait pas sur terre à cette époque… S’agit-il de bactéries, de molécules complexes protégées par le molybdène (et le bore, peut-on lire aussi), ou juste du molybdène qui ont été apportés par une (ou plusieurs) météorite(s) ? Ce n’est pas du tout clair…

Cet article et ses équivalents de langue française sont scandaleux. Et à plusieurs titres.

  • Steven Brenner n’existe pas. Il s’agit de Steven Benner, chimiste reconnu dans la chimie prébiotique, puisqu’il a publié, entre autre, une revue dans le magazine « Science » sur les origines supposés de la vie. Attention, il ne s’agit pas d’une erreur isolée : Tous les sites francophones que j’ai consultés font la même faute d’orthographe !
  • J’ai fini par trouver le communiqué de presse, qui demande expressément à ce que soit citées Les Conférences Goldshmidt à Florence, organisée par  the European Association of Geochemistry and the Geochemical Society. Sur mon blog, je ne fais pas toujours attention. Mais je ne suis pas journaliste dans un grand média, tout de même !
  • Les articles montrent d’une part une profonde méconnaissance de la chimie prébiotique, ce qui peut se comprendre, mais aussi que le/les journalistes ne comprennent pas grand chose à ce qu’ils écrivent, tant l’absence de raisonnement et de lien logique entre les différents arguments sont patents.
  • Et enfin, contrairement à ce qui est annoncé, il ne s’agit pas d’une étude scientifique à proprement parler. Il s’agit d’une conférence « d’opinion » se basant sur des résultats publiés, mais dont les conclusions sont ici extrapolées à la création des premiers êtres vivants.

Pour ne pas incriminer que France Info, vous pouvez trouver cet article aussi sur atlantico.fr; TF1-LCI; Francetvinfo (qui a au moins pris la peine d’interroger d’autres chercheurs, sans pour autant corriger la faute d’orthographe)… Ah oui, ça provient apparemment d’une dépêche AFP, mais que je n’ai pas su retrouver… [UpDate du 1er sept. : la voilà la dépêche AFP ! Merci @PaoliProf sur Twitter! ] Mais quand même, quel sale boulot !

Mais reprenons le fond de l’affaire, qui est tout de même intéressant. S. Benner, qui se présente comme un pionner de la biologie synthétique, est intervenu à la Goldschmidt Conference pour présenter une conférence plénière intitulée «  Planets, Minerals, and life’s origin  » (voir le résumé ) (planètes, minéraux, et origine de la vie). Il s’agissait ici de parler de chimie pré-biotique, ou comment la matière a pu s’organiser en organisme vivant (sur ce blog, vous pouvez aller voir ici et sur ce thème). Pour Benner, il y a quatre grands paradoxes dans les théories actuelles de cette science :

  • Le « Tar Paradox » (paradoxe du goudron) : Si on prend les constituants de la fameuse soupe prébiotique [ ces mêmes qui se seraient auto-organisés en molécules plus grandes en mesure de s’autorépliquer, ou du moins de catalyser des réactions complexes], qu’on y ajoute de la lumière ou une autre source d’énergie, on obtiendra, avec le temps … du goudron, c’est-à-dire un mélange de produits de dégradation incapable d’aucune action catalytique intéressante.
  • Le « Water Paradox » (paradoxe de l’eau) : Si l’eau est omniprésente dans les organismes biologiques, les biopolymères (ADN, ARN, protéines) nécessaires à la vie y sont assez sensibles, et se dégradent en sa présence
  • le « Single Biopolymer Paradox » (paradoxe du biopolymère unique) : Dans tous les organismes vivants, Trois biopolymères semblent absolument nécessaire : ADN, ARN, et protéines. Il semble assez improbable que ces 3 polymères aient pu se former simultanément dans des conditions prébiotiques, alors qu’on ne sait même pas réellement comment cela est possible pour un seul
  • le « Probability Paradox » (paradoxe de la probabilité) : L’ARN, qui est le biopolymère le plus polyvalent (capable de stocker de l’information, mais aussi d’assurer les fonctions catalytiques nécessaires pour la réplication) a plutôt la capacité de catalyser… sa destruction que catalyser sa réplication.

Partant de ce constat assez troublant, Benner imagine les conditions qui permettraient de s’affranchir de certains paradoxes. Pour lui, seule la présence de composé de molybdate et de borate peut permettre la formation et la stabilisation de biopolymères de type ARN. Sans ces composés, pas d’ARN. Sans ARN, pas de vie. Or sur Terre, à l’époque « prébiotique », il n’y a pas suffisamment d’espèces oxydantes, capable de transformer le molybdène en ions molybdates. (Pour le bore, je ne sais pas, je l’avoue, mais il se pourrait que le même raisonnement se tienne, et qu’il n’y ait pas non plus d’ions borates). D’après Benner, la vie n’a pas pu apparaître sur Terre. Par contre, à la même époque, l’atmosphère martienne était plus oxydante et plus sèche, et ces mêmes composés (molybdates et borates) ont pu se former, et participer à la création des biopolymères nécessaires à la vie. Les précisions qu’il a envoyées aux journalistes de la NBC sont à ce sujet intéressantes. La vie serait donc arrivée par météorite martienne sur la Terre. Oui, d’après Benner, ce sont des organismes vivants martiens qui auraient apporté la vie sur notre planète.

A titre personnel, je suis très sceptique. Cette piste n’est pas à exclure, bien sûr, mais les objections de Benner à l’apparition de la vie sur Terre ne me semble pas tenir.

En particulier, la présence de molybdate semble être l’élément-clé de la démonstration du conférencier. Or le rôle fondamental de ces ions réside en la fixation de l’azote atmosphérique, c’est-à-dire en la transformation du diazote N_{2} en ammoniac NH_{3} . [J’en avais parlé un peu dans ce billet]. Et évidemment, l’ARN contient de l’azote en quantité assez importante. On peut ainsi imaginer le rôle important de ces ions. Cependant, il ne faut surtout pas oublier que l’accumulation des espèces chimiques nécessaires à la vie a duré des centaines de millions d’années. Une réaction de fixation de l’azote SANS molybdates, même très peu efficace, permettrait quand même l’accumulation de quantités énormes, donc suffisantes, de composés prébiotiques azotés. De plus, en cherchant un peu dans la littérature scientifique, on peut trouver qu’il existe des nitrogénases (métallo-enzymes contenant habituellement du molybdène qui permettent de fixer l’azote atmosphérique) qui fonctionnent sans molybdène ( R. Pau : Nitrogenases without molybdenum, Trends in Biochem. Sci.,1989).

Je suis sceptique aussi sur la capacité que pourrait avoir un organisme à survivre à un tel voyage, sur une météorite. Les températures atteintes en surface sont gigantesques lors de l’entrée dans l’atmosphère. Afin d’être protégés, il aurait fallu que les organismes vivants se trouvent au coeur de la météorite, et que celle-ci soit de taille importante.

Ce diagnostic sous forme de « paradoxes » dont parle Benner est un peu surprenant de la part d’un chercheur en chimie pré-biotique.

  • Le paradoxe du goudron peut être rapidement levé, si on considère encore une fois le temps pendant lequel se sont probablement accumulées espèces chimiques prébiotiques ; lorsqu’on parle de plusieurs centaines de millions d’années, il importe peu que le produit principal de l’évolution de cette soupe soit du goudron. Les quantités infinitésimales de molécules intéressantes produites chaque année / siècle deviennent dans les échelles de temps qui sont concernés des grammes, kilos, tonnes !
  • Le paradoxe de l’eau ne me semble pas très pertinent… Quelque soit le milieu considéré, l’eau est absolument nécessaire à l’apparition des premiers organismes. Mais il est vrai que je n’ai pas plus d’argument que cela.
  • Le paradoxe du biopolymère unique… a déjà été levé (a priori) depuis longtemps (L’ARN fait office de candidat idéal pour répondre aux différentes questions), et n’est pas résolu par l’hypothèse martienne
  • Le paradoxe de la probabilité est levé aussi par l’échelle de temps.

Enfin, n’oublions pas que la recherche en chimie prébiotique n’est pas stérile, loin s’en faut ! Aujourd’hui, les sources hydrothermales semblent réunir l’ensemble des conditions de l’apparition de la vie sur Terre (voir ce billet sur la question), même si on restera sans doute à jamais sans preuve absolues et directes. Peut-être n’est-il pas nécessaire d’aller chercher des organismes martiens pour cela.

Benner a déclaré une chose finalement assez remarquable à la NBC : Son scénario, dit-il, illustre la différence entre un lieu où la vie peut « survivre » d’un lieu où la vie peut « émerger ». Cette idée est très intéressante, et très fine. Mais il me semble que ces deux lieux coexistent déjà sur Terre.

Sources : Elles sont cités dans le texte. Je remets ici le communiqué de presse officiel, et l’article de la NBC.

 

Retour sur la chimie prébiotique, S.Miller et les autres… (2)

Alors comme ça, l’expérience de S. Miller, qui a le mérite de tester une hypothèse intéressante de constitution de la « soupe primitive » grâce à l’atmosphère terrestre, ne correspond sans doute pas à la réalité de la Terre de l’époque (voir la première partie). Il faut chercher plus loin. Ou plus profondément. Si ce n’est pas dans le ciel, reste la terre ferme et l’eau. La terre, on oublie : il faut que les molécules puissent se déplacer au grès de leur formation, s’accumuler par endroit, diffuser ailleurs, ce qui va être impossible sur un support solide.

Depuis environ trente ans, on se pose ainsi la question de la formation de molécules organiques prébiotiques dans l’eau. Plus précisément, ce sont les sources hydrothermales qui suscitent le plus d’intérêt.

Alors il faut bien imaginer l’enfer que représente ces sources, appelées aussi fumeurs noirs : de l’eau de mer s’est infiltrée jusqu’à plusieurs centaines de mètre sous la roche, se réchauffant à proximité du magma terrestre, et remonte à des températures supérieures à 350 °C, des pressions de plusieurs centaines de bars, en ayant au passage dissout diverses substances minérales. En voilà un joli schéma (voir aussi le site de l’IFREMER)

En fait, ces conditions extrêmes ne sont pas réellement un obstacle à la vie . En témoigne les vidéos, photos prélèvement qui ont été effectués depuis les premières observations en 1977 (voir la photo suivante, et les colonies d’anémone blanche au pied de la source hydrothermale). Crevettes, vers géants côtoient étoiles de mer et poissons… Tout ce petit monde fonctionne grâce à la chimiosynthèse (basée sur  l’exploitation de l’énergie chimique des composés issus des fumeurs), par opposition à la photosynthèse (basée sur l’énergie lumineuse). Alors, pourquoi ne pas chercher là-bas les traces des premières molécules organiques ?

Ne faisons pas durer le suspense plus longtemps. Pour beaucoup de scientifiques, cela ne fait pas de doute: la vie est née à proximité de ces sources hydrothermales, dans l’obscurité, à une profondeur comprise entre 500 et 5000 m.

Et les arguments ne manquent pas : les conditions d’expériences de S. Miller, ces mêmes qui ont conduits aux acides aminés, se retrouvent dans les émanations de ces sources chaudes. En effet, on a bien du méthane, du dihydrogène, de l’eau, peu de CO2. Pas de lumière UV, ou de décharges électriques, mais de l’énergie thermique autant qu’on veut.

[Le problème de cette énergie thermique, c’est qu’à ces températures là (300°C) , les acides aminés et autres briques élémentaires de la vie sont très vites dégradés. Mais il ne faut pas oublier que l’eau tout autour des fumeurs est à 2°C, et que des échanges existent évidemment, ce qui, pour moi, permet de lever cette objection].

Tout comme l’expérience de Miller alors ? Non, encore mieux. Non seulement la variété des éléments chimiques disponible est beaucoup plus grande que dans l’atmosphère imaginée à l’époque (avec en particulier des apports en souffre, indispensables pour certains acides aminés comme la cystéine), mais en plus, on a plein de métaux et de minéraux variés présents. Ceux-ci peuvent servir alors de catalyseurs de réactions chimiques plus avancées, permettant, à partir de quelques molécules organiques simples, obtenir des assemblages complexes nécessaires.

[En particulier, compte tenu des propriétés catalytiques de la pyrite,  G. Wächterhauser et son équipe a imaginé des premiers êtres vivants qui ne seraient pas cellulaires, mais utiliseraient directement leur support, la pyrite, pour réaliser les réactions nécessaires à l’auto-réplication.]

Les scientifiques ont eu déjà la joie de découvrir des composés organiques  dans les fumeurs, et de plus de démontrer leur production abiotique (produite sans intervention d’espèces vivantes) (Source). Bien sûr, dans ce domaine, rien n’est parfaitement sûr, et en particulier les chemins détournés empruntés par la vie pour émerger ne sont pas connus. Les expériences in vitro sont compliquées, tant les conditions au niveau des sources hydrothermales sont dures. Quant aux observations directes, elles sont délicates à – 2000 m !

Il y a un point encore non évoqué ici qui est en faveur des sources hydrothermales : Dans les documents évoquant la chimie prébiotique et l’expérience de S. Miller, on se focalise sur les acides aminés, briques des protéines. On oublie complètement une idée très importante : les protéines ne peuvent pas, ou de façon très (trop) complexe, contenir un code génétique lisible. Cela, c’est  l’apanage de l’ADN, ou de l’ARN. Et un consensus de plus en plus large plaide vers une apparition de la vie basée sur l’ARN, qui pourrait à la fois contenir le « code », et être capable de le lire, traduire, répliquer (Voir ici pour les propriétés catalytiques de l’ARN). Les expériences dans différentes atmosphères ont complètement échoué dans la formation des briques élémentaires de ces longues macromolécules, sauf en faisant intervenir des situations complexes où des minéraux terrestres rentrent en jeu par le biais de précipitation et évaporation de l’eau de pluie (voir à ce sujet le joli billet d’exobiologie.info )… Et il me semble qu’il est plus simple d’imaginer la synthèse de ces précurseurs à un endroit où, en permanence, se trouve les catalyseurs et les matériaux inorganiques nécessaires pour leur formation.

Bien sûr, les questions restent innombrables, et en particulier celle de la chiralité des espèces chimiques du monde vivant, mais l’essentiel semble être là. Tout est réuni pour que la vie naisse là, au coeur des océans.

Bon et après la constitution de cette soupe ? La suite, c’est l’auto-organisation, (déjà évoquée ici sur ce blog) puis…. le premier être vivant ?

PS : les amateurs d’exobiologie apprécieront particulièrement cette origine de la vie : en effet, pour ne citer que le plus connu, le satellite Europe de Saturne possède un immense océan, (sous 20 à 200 km de glace), qui pourrait abriter des sources hydrothermales. A quand une tentative de dialogue « homme de la Terre » -« crevette de Europe » ?

Sources :

Retour sur la chimie prébiotique, S. Miller et les autres…(1)

J’ai été très heureux de voir ce sujet de la chimie prébiotique (la chimie qui a permis à la vie d’apparaître) traité par les amis de www.podcastscience.fm, et de scienceetonnante.wordpress.com. J’aimerais y apporter ma petite contribution de (ex-) chimiste organicien.

Un certain consensus se dégage depuis grosso modo un siècle : la vie serait née d’une « soupe primitive », constituée d’un mélange désorganisé d’espèces chimiques complexes, qui, aurait peu à peu accédé à une certaine forme d’organisation, jusqu’à l’apparition d’un processus d’auto-réplication de macromolécules contenant un code génétique primitif.

Dans ce court paragraphe précédent résident toutes les grandes questions que se posent la chimie prébiotique. Comment s’est formée cette « soupe primitive », et de quoi elle est constituée ? Comment ses composants ont pu s’auto-organiser ? Quelles molécules ont pu acquérir ces propriétés auto-réplicantes nécessaires à une vie primitive, et dans quelles conditions ?

Aucune réponse définitive n’est apportée à chacune de ces questions. Et la diversité des hypothèses envisagées est immense.

Revenons ici sur la question de l’origine des composés de la soupe primitive. Oparine et Haldane ont proposé l’hypothèse géniale que les composés organiques à la base des êtres vivants, et en particulier les acides aminés (briques élémentaires des protéines, qui sont elles-mêmes, pour simplifier, les usines qui font fonctionner la moindre des cellules) pouvaient provenir de matière inorganique (en particulier présent dans une atmosphère primitive terrestre), activée par le rayonnement solaire. Une jolie hypothèse, qui a pu être éprouvée en 1953 par la célébrissime expérience de S. Miller et Urey, dont j’ai piqué à wikipedia le schéma :

Dans le ballon à gauche, est reproduite ce qu’on estimait être la composition de l’atmosphère primitive de la Terre, parcourue par des éclairs provoquées par des émectrodes (pour faire comme les éclairs). Et le résultat a été à la hauteur des espérances : tout plein d’acides aminés, et d’autres molécules organiques indispensables à la vie…

CQFD ?? Ben pas vraiment. En fait, pas du tout. Certes, il était démontré une nouvelle fois que les molécules de la vie pouvaient être issues de matière inorganique, ce que l’on sait depuis 1828 et la synthèse de l’urée par Wöhler. Plus précisemment, l’atmosphère primitive, « activée » par les éclairs, a permis la synthèse d’acide cyanhydrique et de formaldéhyde, qui permet de former des acides aminés par la synthèse de Strecker, et tout ça à partir de méthane, dihydrogène, monoxyde de carbone, eau, et ammoniac.

Oui, sauf que voilà, il y a d’immenses chances pour que la composition de l’atmosphère primitive réelle ne ressemble pas du tout à cela. Au lieu d’un mélange ammoniac, méthane, dihydrogène, monoxyde de carbone (NH3, CH4, H2, CO), on aurait plutôt eu un mélange diazote, dioxyde de carbone et eau (N2, CO2, H2O).

En fait, alors que N2, CO2 et H2O sont très stables, l’ammoniac NH3, et le méthane CH4 sont rapidement dégradés dans l’atmosphère sous les rayonnements solaires. Quant au dihydrogène H2, trop léger, il a tendance à s’échapper rapidement de l’attraction terrestre… Si dans ces deux hypothèses les éléments chimiques présents sont les mêmes, la seconde est donc constituée de gaz stables, ce qui en fait l’hypothèse généralement admise. Le soucis, c’est que dans ce cas, l’expérience de S. Miller ne fonctionne pas, même en remplaçant les décharges électriques par un intense rayonnement UV.

Les partisans fervents de Miller et Oparine ont néanmoins une petite parade. Il se trouverait qu’éventuellement on pourrait peut-être faire l’hypothèse qu’après l’énorme collision entre la Terre et un astéroïde de la taille de Mars, qui a permis la formation de la Lune, on ait eu un équilibre précaire durant quelques millions d’années permettant la compensation de la perte de ces gaz (CH4, NH3, H2) par, en particulier, un apport extérieur lié à un bombardement intense de la terre par des météorites… (Source sur l’atmosphère primitive)

Tout tombe à l’eau… Au sens figuré, mais aussi au sens propre. Si ce n’est pas dans l’atmosphère que s’est produite la synthèse des premières briques de la vie, cela pourrait être sur la terre ferme (hypothèse très peu vraisemblable, compte tenu du besoin d’eau, de concentration, mais aussi de migration des espèces chimiques), ou dans l’eau liquide.

La suite hydrothermale au prochain épisode…

Lire aussi et par exemple (C’est hélas très incomplet et très rapide, comme toutes les sources que j’ai consulté…) : Les premiers pas de la vie sur Terre ; Chimie prébiotique,…